В средней школе (5-9 классы) получают дальнейшее развитие языковая подготовка, информационная культура, основы проектной деятельности, качественная предметная подготовка.

В старшей школе (10-11 классы) учащиеся целенаправленно готовятся к сдаче Единого Госсударственного Экзамена, посещают факультативы по математике, русскому языку, истории, физике, химии, биологии.

Со средней и старшей школами ГБОУ ЦО "МЭШ" Москомспорта работают четыре кафедры: